Penolakan warga Papua terhadap program transmigrasi di wilayah mereka memiliki beberapa alasan yang berkaitan dengan kekhawatiran sosial, ekonomi, dan budaya. Berikut adalah beberapa faktor utama:

1. Ancaman terhadap Hak atas Tanah dan Sumber Daya Alam: Banyak masyarakat adat Papua merasa bahwa program transmigrasi mengancam hak-hak mereka atas tanah adat dan sumber daya alam. Kehadiran pendatang sering kali diikuti oleh pembangunan infrastruktur, lahan perkebunan, atau industri yang mengakibatkan perubahan besar pada lanskap lokal dan mengurangi akses masyarakat asli terhadap tanah yang secara tradisional mereka kelola.
2. Ketimpangan Sosial dan Ekonomi: Kehadiran transmigran yang memiliki keahlian atau keterampilan yang berbeda dengan penduduk asli Papua dapat menimbulkan ketimpangan sosial dan ekonomi. Dalam beberapa kasus, transmigran dianggap lebih mudah mendapatkan pekerjaan, terutama di sektor formal, dan memiliki akses yang lebih baik terhadap layanan pendidikan dan kesehatan. Hal ini dapat menciptakan ketidakpuasan di antara penduduk lokal yang merasa tertinggal.
3. Perubahan Sosial dan Budaya: Program transmigrasi sering kali membawa perubahan dalam struktur sosial dan budaya masyarakat asli. Warga Papua khawatir budaya lokal mereka akan terpinggirkan atau bahkan hilang seiring dengan meningkatnya jumlah penduduk pendatang. Banyak penduduk asli juga merasa bahwa kehadiran transmigran berpotensi mengurangi dominasi budaya dan tradisi Papua di wilayah mereka sendiri.
4. Dinamika Politik dan Keamanan: Program transmigrasi juga dianggap sebagai bagian dari kebijakan pemerintah untuk memperkuat kontrol politik di Papua. Sebagian masyarakat Papua memandang program ini sebagai upaya untuk mengubah demografi Papua, yang dapat berdampak pada dinamika politik di daerah tersebut dan mengurangi representasi politik warga asli.
5. Kurangnya Konsultasi dengan Masyarakat Adat: Banyak program transmigrasi dilakukan tanpa konsultasi yang memadai dengan masyarakat adat. Hal ini menimbulkan perasaan bahwa hak-hak mereka diabaikan dan bahwa pemerintah lebih memperhatikan kepentingan pendatang daripada masyarakat lokal.

Penolakan terhadap transmigrasi di Papua menggarisbawahi pentingnya pendekatan yang sensitif terhadap hak-hak masyarakat adat dan perlunya program pembangunan yang melibatkan partisipasi dan persetujuan masyarakat setempat.